Можно
-Бумажные наполнители
Хороший наполнитель, хорошо впитывает и держит запах. Не создается неприятного запаха, как с опилками
-неокрашенные/неароматизированные салфетки, бумажные полотенца, туалетная бумага.
Приходится часто менять, через день, если не каждый. Можно просто стелить, можно рвать клочками, можно скатывать катышки, как у заводского бумажного наполнителя.
-Кукурузный наполнитель. Мелкой и средней фракции
-Опилки НЕ хвойных пород деревьев
Очень редко встречаются в магазинах, но встречаются.

С осторожностью
-Льняные/пшеничные/кукурузные пеллеты.
Хорошо впитывают. Форма и размер не очень хорошо подходят для маленьких мышиных лап, им будет не очень удобно. Но, в отличии от  хвойных, они не вредны
-Чистая бумага "для принтера"
Острые края, слишком грубая. В принципе ничего плохого не случится, если дать клочки такой бумаги, но есть ли смысл?
-Сено/Солома
Только покупные! Рекомендую внимательно перебрать и убрать самые большие и толстые стебли и колючие листья. Всё же мышки нежные существа. Удобно, если помимо мышек у вас живет морсвин или кролик, которому можно скормитьвсё крупное 
-Хвойные опилки.
Обязательно проветрить хорошенько перед применением!

Нельзя
-Наполнитель для кошек(за исключением тех, что указаны в Можно/С осторожностью)
-Газеты
-Черновики
-Вата/Синтепон/Ткань/пряжа
-Хвойные пеллеты